Rezultati sekvenciranja slijedeće generacije (NGS) kompletnog genoma SARS-CoV-2 u OJ Klinička mikrobiologija KCUS

U OJ Klinička mikrobiologija su u periodu 12.03- 18.03.2021 na aparatu sljedeće generacije sekvenciranja (NGS), doniranom od strane Svjetske zdravstvene organizacije (SZO) sekvencirana 21 reprezentativna uzorka kompletnog genoma SARS-CoV-2.

Uzorci su selektirani od  61 uzorka pozitivna na SARS-CoV-2  iz 5 kantona

FBiH. Prethodnim skriningom kod 56/61 (91, 8%) uzoraka je dokazano prisustvo specifične mutacije N501Y, koja utiče na receptor- vezujuću domenu S virusnog proteina.

Na aparatu sljedeće generacije sekvenciranja kod 16/21 (76, 19%) uzoraka potvrđeno je da se radi o lozi B.1.1.7 poznatoj kao Variant of Concern 202012/01 (VOC -202012/1) ili UK varijanti. Ova varijanta je dokazana u Kantonu Sarajevo i to općinama Centar, Saraj polje, Novo Sarajevo, Stari grad, Ilidža, Vogošća/Ilijaš i Hadžići. Od ostalih Kantona u Federaciji dokazana je u Bihaću, Goraždu, Zenici, Kaknju, Zavidovićima i Travniku.Kod tri uzorka iz Kantona Sarajevo ( Ilidža i Stari grad) koji su bili negativni na ovu mutaciju, dokazana je loza B.1. 258 (CZ varijanta), te kod dva loze B.1.160 i B. 1.177.Na osnovu rezultata dobijenih dosadašnjim testiranjem zaključujemo da je UK varijanta SARS-CoV-2 u velikoj mjeri zastupljena na područuju Bosne i Hercegovine, ali da  cirkuliše  i loza B.1. 258 (Czech varijanta).

Sve sekvence virusa su importovane i objavljene u međunarodnoj bazi GISAID što će omogućiti komparaciju genoma naših izolata virusa sa drugim.

Tim na sekvenciranju sljedeće generacije (NGS) SARS-CoV-2 u OJ Klinička mikrobiologija

Pošaljite upit