Klinička mikrobiologija
INFO
KONTAKT INFORMACIJE
PRIJEM MATERIJALA 8-10H
IZDAVANJE NALAZA 12-14H
tel. + 387 33 297 915
fax. +387 33 298 525
Šef Odjeljenja prim.mr.sci.dr Mirela Babić, br.tel 033/297-966
Odgovorni laboratorijski inženjer Amra Zec, dipl.ing.MLD
Laboratorij za kontrolu bolničkih infekcija tel. 033 298 289
Laboratorij za proizvodnju hranjivih podloga i sterilizaciju br. tel. 033 297 204
Laboratorij za parazitologiju tel. 033 298 248
Laboratorij za mikologiju tel. 033 297 931
Dezinfekciona stanica KCUS tel. 033 297 738
Prijemna ambulanta i ordinacija za konsultativno specijalističke preglede:
- (DIP PRIZEMLJE)- BR.TEL 033/297-923
- (DIP III SPRAT) – BR.TEL 033/298-681
Šef Odjeljenja prim.dr Daria Bekić, br.tel 033/298291; 033/298285
Odgovorni laboratorijski inženjer Lejla Osmanović, MA lab tehnologija
Laboratorij za dijagnostiku urogenitalnih infekcija br.tel. 033 298 355
Laboratorij za dijagnostiku gnojnih i septičnih infekcija br.tel. 033 298 291
Laboratorij za opštu bakteriologiju tel. 033 298 291
Laboratorij za dijagnostiku anaerobnih infekcija br.tel. 033 297 378
Laboratorij za dijagnostiku crijevnih bakterijskih infekcija br.tel. 033 298 248
Šef Odjeljenja prim.dr Suzana Arapčić br.tel 033/297-966
Odgovorni laboratorijski inženjer Amela Babović, MA lab tehnologija
Laboratorij za izolaciju i tipizaciju virusa tel. 033 297 888
Laboratorij za serološku dijagnostiku infektivnih oboljenja br.tel 033 298 221; 297 920
Laboratorij za molekularnu mikrobiologiju tel. 033 297 888
Broj tel odjeljenja: 033 290 606
Šef Odjeljenja prim.dr Jasmina Mornjaković-Abazović, br. tel. 033 290 605
Odgovorni laboratorijski inženjer Marija Omerović, dipl.ing.MLD
INFO PANEL
Klinička mikrobiologija KCUS ima za cilj da građanima Bosne i Hercegovine pruži usluge iz oblasti mikrobiološke dijagnostike, prateći savremene zahtjeve medicine i da otvori nove mogućnosti istraživačkog rada iz svih oblasti mikrobiologije. Klinička mikrobiologija je izvrsna baza za edukaciju i naučnoistraživački rad u kojoj zdravstveni profesionalci različitih usmjerenja stiču laboratorijske vještine i teoretska znanja. U komunikaciji sa stručnjacima i naučnicima u zemlji i inostranstvu, traže se rješenja stručnih i naučnih problema, te razmjenjuju iskustva iz oblasti mikrobiologije (virusologije, bakteriologije, mikologije, parazitologije, infektivne imunologije, molekularne mikrobiologije), kao i bliskih disciplina imunologije, citologije, infektologije, onkologije, epidemiologije, higijene i dr.
Vizija Kliničke mikrobiologije je dvostruka; podignuti kvalitet laboratorijske dijagnostike na najviši nivo, pridržavajući se svjetskih standarda naučnog i stručnog rada, te stvoriti savremenu naučnu bazu u oblasti biomedicine.
ISTORIJAT MIKROBIOLOGIJE U SARAJEVU
Mikrobiološka dijagnostika u Sarajevu ima veoma dugu i bogatu historiju, koju su gradili brojni stručnjaci i naučnici uz pomoć svojih saradnika. Zvanična istorija mikrobiologije u Sarajevu počinje 1905. godine kada je počela bakteriološka dijagnostika u Zemaljskoj bolnici u prostorijama tadašnje prosekture, a uvodi je dr. Emil Prašek-patolog. 1921. god. bakteriološku dijagnostiku nastavljaju dr. Ernest Kaunić i prim. dr. Relja Kašiković.
Između dva Svjetska rata, bakteriologija je rađena u Državnoj bolnici i u to vrijeme se već dijeli na kliničku i vankliničku koja je rađena u Higijenskom zavodu.
1948. godine osnovan je Institut za mikrobiologiju Medicinskog fakulteta u Sarajevu. Njegov osnivač i prvi šef bio je prof. dr. Robert Fried. Prof. dr. Robert Fried je opremio Institut, uz pomoć Svjetske zdravstvene organizacije, Komisije za međunarodnu zdravstvenu saradnju, KOMNIS-a, Centralnog odbora Jugoslovenskog crvenog krsta, Zavoda za socijalno osiguranje i drugih organizacija.
1952 godine osnovan je Institut za virusologiju i imunologiju na Medicinskom fakultetu u Sarajevu. Pod rukovodstvom prof. dr. Aleksandra Terzina Institut za virusologiju je postao Referalni laboratorij Svjetske zdravstvene organizacije za influencu.
Prije Drugog svetskog rata bakteriologijom i parazitologijom su se većinom bavili specijalisti patologije i higijene. Osnivanjem Instituta za mikrobiologiju i virusologiju uvodi se i specijalizacija iz medicinske mirobiologije, tako da su od 1952-1962 godine oba Instituta pored rutinskog, naučno-istraživačkog i nastavnog rada, radili i na edukaciji ljekara specijalizanata iz područja medicinske mikrobiologije.
Juna 1962 godine počelo je sa radom Odjeljenje za mikrobiologiju Klinike za infektivne bolesti. U to doba formiraju se bolničke mikrobiološke laboratorije u sastavu različitih klinika i zavoda.
1974 godine otpočinju integracijski procesi bolničke i mikrobiologije Medicinskog fakulteta u Institut za mikrobiologiju „Dr. Robert Fried“. Ubrzo, 1976 godine Institutu su pristupili Mikrobiološka laboratorija Klinike i poliklinike za dječije bolesti na lokaciji Jezero i 1979 godine mikrobiološka laboratorija Zavoda za kožne i venerične bolesti na lokaciji Nahorevo. Da bi održali neposredni kontakt specijalista mikrobiologa sa kliničarima Institut je zadržao na klinikama postojeće kapacitete i to: Bolnica Koševo, Klinika za infektivne bolesti, lokacija Jezero i lokacija Nahorevo. Najveći dio Instituta bio je lociran u prostorijama Medicinskog fakulteta.
Integracijski procesi doveli su do koncentracije visokog stručnog kadra, opreme i novčanih sredstava. Otvorena su odjeljenja za bakteriologiju, virusologiju, imunologiju i parazitologiju, te odsjek za hranljive podloge, sa ukupno 17 laboratorija. Od 50 zaposlenih u 1974 godini broj je porastao na 112 u 1991 godini od čega je bilo 30 specijalista.
U Institutu za mikrobiologiju „Dr. Robert Fried“ su osnovane nove subspecijalističke laboratorije jedine u BiH i to: laboratorija za dijagnostiku anaerobnih infekcija, laboratorij za proizvodnju kulture tkiva, laboratorij za izolaciju i tipizaciju enterovirusa, herpes virusa i adenovirusa na kulturi ćelija, laboratorij za dijagnostiku leptospiroznih infekcija, laboratorij za elektronsku mikroskopiju i laboratorij za imunoparazitologiju.
U toku ratnog perioda od 1992- 1995. god. nanesena je ogromna šteta Institutu za mikrobiologiju, imunologiju i parazitologiju „Dr. Robert Frid“. Odmah nakon agresije na BiH i Sarajevo, Institut je ostao bez rukovodstva i od 112 uposlenika ostalo je svega 30. Institut je ostao bez Odjeljenja za virusologiju, smještenog u prostorijama Zavoda „Dr. Ernest Grin“, na lokalitetu Nahorevo i laboratorije, koja je bila stacionirana u krugu Klinike za dječije bolesti, lokalitet Jezero. Sa Odjeljenjem za virusologiju, izgubljena je vrlo skupocijena i sofisticirana oprema. Od predratnih 17 laboratorija u funkciji je ostalo samo 9.
Rad u vanrednim, ratnim uslovima je ukazao na neophodnost preseljenja mikrobiologije u krug Kliničkog centra. Institut za mikrobiologiju, imunologiju i parazitologiju “Dr Robert Fried” se podijelio na dva dijela: kliničku mikrobiologiju, koja je postala organizaciona jedinica KCU Sarajevo pod nazivom OJ “Institut za mikrobiologiju, imunologiju i prazitologiju” i Katedru za mikrobiologiju Medicinskog fakulteta. U okviru Instituta bila su aktivna tri odjeljenja: Odjeljenje za bakteriologiju, Odjeljenje za parazitologiju, Odjeljenje za imunologiju i odsjek za proizvodnju hranljivih podloga i sterilizaciju, te laboratorija u ratnoj bolnici „Igman“ u Fojnici.
U posljednje dvije decenije Klinička mikrobiologija se intenzivno razvijala. 2012 godine postaje Referalna laboratorija Svjetske zdravstvene organizacije za osipne zarazne bolesti, formirana je laboratorija za kontrolu bolničkih infekcija, uvedena je automatizacija u identifikaciji i određivanju rezistencije bakterija, a molekularna dijagnostika se ubrzano razvijala prateći trendove razvoja u svijetu, tako da se danas koristi u dijagnostici svih patogena, bakterijskih, virusnih, gljivičnih i parazitarnih. Od 2017 uvedena je izolacija virusa na kulturi stanica čime su stečeni uslovi za sticanje statusa Nacionalnog influenca centra. 2021. godine uvodi se sekvencioniranje slijedeće generacije (NGS) za respiratorne patogene i mehanizme rezistencije kod bakterija. Intenziviran je i naučnoistraživački rad. Publikovane su knjige, brojni radovi, odbranjene doktorske disertacije i veliki broj magistarskih radova; laboratorijski tehničari su se doedukovali u inžinjere laboratorijske dijagnostike. Uposlenici OJ Klinička mikrobiologija su uključeni u značajan broj projektnih aktivnosti, a nastavni proces i danas predstavlja značajnu bazu za nastavu iz oblasti mikrobiologije. Također se kontinuirano obavlja i edukacija svih profila zdravstvenih radnika.
Zahvljujući entuzijazmu uposlenika i intenzivnoj međunarodnoj saradnji, OJ Klinička mikrobiologija KCU Sarajevo je respektabilna stručna i naučno-istaživačka ustanova u regionu, koja ravnopravno učestvuje na svjetskom nivou u razmjeni znanja i iskustava iz oblasti mikrobiologije.
Saradnja sa međunarodnim institucijama
OJ Klinička mikrobiologija je aktivno uključena u međunarodnu saradnju. Postala je član mnogih naučnih i stručnih udruženja i mreža, kao što su: CAESAR (Central Asian and European Surveillance of Antimicrobial Resistance network) mreže za praćenje rezistencije invazivnih izolata za koju obavlja koordinatorsku ulogu na području Federacije Bosne i Hercegovine; Evropskog centra za kontrolu bolesti (ECDC); Regionalne mreže za nadzor influence (SZO); Evropske mreže za kontrolu virusnih uvezenih bolesti (ENVID), IFIC (Međunarodno udruženje za kontrolu infekcija); FEMS (Udruženje svih Europskih mikrobioloških društava) i dr.
Uspostavljena je saradnja sa slijedećim institucijama:
- Institutom Pasteur, Francuska kroz učešće u mreži MediLabSecure ( Preventing Vector Borne Diseases around the Mediterranean and Black Sea regions by creating new networks) finansiran je od strane Europske komisije, ima za cilj da stvori okvir saradnje u cilju poboljšanja nadzora nad zaraznim bolestima koje se prenose vektorima, biološke sigurnosti, komunikacije i obuke između laboratorija;
- Robert Koch Institutom u Berlinu- Eksterna kontrola kvaliteta i stručna pomoć
- Referalnom laboratorijaom u Luxemburgu za nadzor nad osipnim zaraznim bolestima. Ova laboratorija koordinira sve aktivnosti po pitanju eksterne kontrole rada Referalnih laboratorija, slanje reagenasa, edukacije i treninzi, pomoć kod izrade procedura rada i sl.
- CDC laboratorijom za nadzor nad influencom (Medison, USA) kroz projekat Nadzor i odgovor nad ptičijom i pandemijskom gripom“ u zemljama Jugoistočne Europe provodi Centar za nadzor i kontrolu zaraznih oboljenja – Centre for Disease Prevention and Control (CDC).
- The Francis Crick Instiute, London, UK-Eksterna kontrola kvaliteta i stručna pomoć
- Technical University of Denmark DTU i Statens Serum Institut (SSI): saradnja u okviru projekta EURGen-RefLabCap. BiH je prepoznata kao prioritena zemlja za jačanje kapaciteta laboratorija u nadzoru nad antimikrobnom rezistencijom, a OJ Klinička mikrobiologija kao Referalna laboratorija za implementaciju projekta.
Aktuelne projektne aktivnosti:
- The global Antimicrobial Consumption and Resistance Point Prevalence Survey (GLOBAL PPS).
- Strengthening the capacity to monitor and respond to avian and pandemic influenza in Bosnia and Herzegovina financed by Centers for Disease Control and Prevention, CDC.
- MediLabSecure (MLS) „Preventing Vector-Borne Diseases Around the Mediterranean and BlackSea Reagions by Creating New Networks”. https://www.medilabsecure.com/
- Monitoring of SARS-CoV-2 genome and evolutionary diversity in BIH (FBIH) Federal Ministry of Education and Science (2021)
- Application of next generation sequence (NGS) in typing and characterization of carbapenemase producing hospital isolates of enterobacteria (2022-2023)
- Ministry of Science, Education and Youth of Sarajevo Canton.
- EURGen-RefLabCap https://www.eurgen-reflabcap.eu/
Programi vanjskih procjena kvaliteta (eng. External Quality Assessment, skr. EQA) u kojoj OJ Klinička mikrobiologija sudjeluje u periodu 2009 do danas:
- WHO external quality assessment programme (EQAP) for the detection of influenza virus subtype A and subtype B (optional) by RT-PCR.
- WHO external quality assessment programme (EQAP) for the detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 by RT-PCR.
- ECDC European SARS-CoV-2 and Influenza bioinformatics external quality assessment (ESIB-EQA)
- ECDC and Charite EQA Scheme for molecular diagnostics of SARS-CoV-2 variants
- WHO External Quality Assessment Programme for the detection of influenza viruses/SARS-CoV-2 by RT-PCR
- EISN Influenza virus molecular detection and typing EQA programme
- EQA SARS-CoV-2 Institute of virology scientific, Charite Global health Berlin
- WHO external quality assessment programme (EQAP) for measles and rubella virus serology.
- WHO-INSTAND mEQA schemes:
- 991 TK 20 Qualitative detection of measles virus (real-time RT-PCR)
- 991 TK 40 Genotyping (sequencing) of measles virus
- 992 TK 20 Qualitative detection of rubella virus (real-time RT-PCR)
- 992 TK 40 Genotyping (sequencing) of rubella virus
- INSTAND EQAS (in cooperation with Institut Pasteur/MediLabSecure project) for Chikungunya virus (392) (real-time RT-PCR)
- INSTAND EQAS (in cooperation with Institut Pasteur/MediLabSecure project) for West Nile virus (391) (real-time RT-PCR)
- QCMD MediLabSecure 2018 MED_MERS18, MED_ZIKA18, MED_CHIK18, MEDWNV18
- WHO, CAESAR, UK NEQAS EQA EXERCISE Antimicrobial susceptibility testing
- EQA – Ispitivanje osjetljivosti/otpornosti M.tuberkuloze na prvu liniju antituberkulotika; nadnacionalni laboratorij iz Njemačke:Istraživački centar Borstel; Leibniz centar za medicinu i bioznanosti / Medicinski zavod, Nacionalni referentni centar za mikobakterije
- ECDC UK NEQAS PHE European Gonococcal Antimicrobial Susceptibility Sureveillance Programme
- DTU, SSI EURGenRefLabCap EQA 2022 Technical and analytical skills for WGS based carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) and colistin-resistant CRE (CCRE) resistome profiling and high-risk clone/plasmid identification
- ECDC, PHE External Quality Assessment (EQA) for supporting the surveillance of Legionnaires disesase
Laboratorij za mikrologiju
Bavi se dijagnostikom patogenih i oportunističkih gljiva:
- kvasnica;
- dermatofita;
- plijesni
Uzorci koji se obrađuju na kvasnice:
- uzorci kože i kožnih adneksa;
- bris nosa, bris gingive, bris bukalne sluznice, bris jezika, bris oka, bris uha, bris grla, bris rane, bris prepone, bris axile, vaginalni bris, uretralni bris;
- sputum, BAL, pleuralni punktat, trahealni aspirat;
- urin;
- stolica;
- krv;
- likvor
Uzorci koji se obrađuju za dijagnostiku dermatomikoza:
- ljuske sa kožnih promjena;
- korijen dlake sa malim dijelom iznad korijena;
- strugotine sa i ispod nokta
Identifikacija uzročnika se vrši:
- mikroskopskim pregledom;
- kultivacijom;
- biohemijskim testovima;
- serološkim testovima.
Mikološke pretrage
- Izolacija i identifikacija kvasnica/Candida spp. različitih uzoraka metodom kultivacije na selektivnim hranjivim podlogama i metodom određivanja biohemijskih svojstava;
- Mikroskopski pregled uzoraka za dokazivanje blastospora i pseudomicelija kvasnica (mikroskopski preparat bojen po Gramu i metilenskim plavim);
- Test germinacije, metoda pregleda poraslih kolonija kvasnica za dokazivanje Candida albicans;
- API (Analitic Profile Index) test za dokazivanje kvasnica iz pozitivne kulture. Test čini niz standardiziranih biohemijskih testova za manuelnu identifikaciju kvasnica u roku 48 do 72 sata;
- Dokazivanje kvasnica u krvi (kandidemije) u bolničkim uslovima, za hospitalizirane pacijente;
- Ispitivanje osjetljivosti izolovanih kolonija kvasnica/Candida spp. na antimikotike disk difuzionom metodom ;
- Ispitivanje osjetljivosti izolovanih kolonija kvasnica/Candida spp.i plijesni na antimikotike difuziono-dilucijskom metodom (E-test) za hospitalizirane pacijente;
- Identifikacija i ispitivanje osjetljivosti izolovanih kolonija kvasnica/Candida spp. automatskom metodom (VITEK 2), za hospitalizirane pacijente;
- Izolacija i identifikacija plijesni iz različitih uzoraka metodom kultivacije na selektivnim hranjivim podlogama;
- Mikroskopski pregled uzorka likvora bojenim India Ink (dokazivanje ekstaracelularne polisaharidne kapsule), za hospitalizirane pacijente;
- Izolacija i identifikacija Cryptococcus neoformans u uzorcima tkiva ili tjelesnih tekućina (likvor, krv, sputum, TA i BAL), na selektivnim hranjivim podlogama;
- Metoda pregleda nativnog mikroskopskog preparata sa laktofenolom u uzorcima i pozitivnoj kulturi. Uzorci su: ljuske sa ruba kožne promjene, korijen dlake i 1 centimetar iznad, strugotine sa nokta. Pregled zahtijeva prethodnu pripremu pacijenta. Mjesto uzorkovanja ne treba treba mazati niti jednom kremom 5 dana prije uzorkovanja.
- Dokazivanje dermatofita u uzorcima metodom kultivacije na selektivnoj hranjivoj podlozi. Pregled zahtijeva prethodnu pripremu pacijenta. Mjesto uzorkovanja ne smije se mazati niti jednom kremom 5 dana prije uzorkovanja;
- Test perforacije dlake, za dokazivanje dermatofita iz pozitivne kulture;
- Ureaza test, za dokazivanje dermatofita iz pozitivne kulture;
- Dokazivanje prisutnosti galaktomanana Aspergillus spp. u uzorcima krvi i BAL-a (EIA);
- Dokazivanje prisutnosti manana Candida spp. u uzorcima krvi (EIA);
Laboratorij za parazitologiju
Bavi se dijagnostikom parazita:
- protozoa probavnog trakta;
- protozoa genitourinarnog trakta;
- krvno tkivnih protozoa;
- helminata (nematoda, cestoda, trematoda)
Uzorci koji se obrađuju:
- stolica;
- duodenalni sadržaj;
- celofanski otisak;
- krvni razmaz;
- gusta kap;
- punktat koštane srži, limfnih žljezda, slezene;
- cerebrospinalni likvor (CSF),
- strugotina rožnice;
- kožni apsces;
- urin;
- strugotina kože
Identifikacija uzroznička se vrši:
- makroskopskim pregledom uzorka;
- nativnim mikroskopskim pregledom uzorka;
- bojenim mikroskopskim pregledom uzorka (Giemsa);
- detekcijom antigena;
- serološkom dijagnostikom
Parazitološke pretrage
- Parazitološki pregled nativnog mikroskopskog preparata uzorka stolice na jaja helminata i cista protozoa
- Dokazivanje cista i trofozoita Entamoebae histolyticae u nativnom mikroskopskom preparatu uzorka stolice u fiziološkoj, Lugolovoj otopini i sedimentaciono-flotacionim metodama-MIFC;
- Dokazivanje trofozoita Giardiae lambliae u nativnom mikroskopskom preparatu uzorka duodenalnog sadržaja u fiziološkoj otopini;
- Dokazivanje antigena (EIA) Entamoebae histolyticae u uzorcima stolice;
- Dokazivanje Enterobius vermicularis metodom perianalnog otiska. Analiza zahtijeva prethodnu pripremu pacijenta i upute koje treba slijediti prije pregleda.
- Upute pacijentu za uzorkovanje: na prijemu Kliničke mikrobiologije, pacijent dan ranije dobije sterilno predmetno staklo prevučeno sa selotejp trakom. Prije uzimanja analnog otiska, pacijent se ne smije prati. Uzorkovanje se radi u ranim jutarnjim satima i to u rukavicama. Selotejp traka se pažljivo odvoji od stakla do kraja, a da se ne odvoji, prisloni na čmar dobro pritisne, zatim podigne i prilijepi na predmetno staklo. Pošto je ovo potencijalno veoma infektivan uzorak, treba posebno voditi računa da se dobro zaštiti, upakuje i odmah transportuje na pregled.
- Dokazivanje Demodex folliculorum metodom celofanskog otiska kože. Uzorkovanje se vrši na Kliničkoj mikrobiologiji i Dermatovenerološkoj klinici;
- Dokazivanje Plasmodium spp., u bolničkim uslovima, pregledom mikroskopskog preparata krvnog razmaza i guste kapi bojenim po Giemsi. Uzorkovanje se vrši kod hospitaliziranog pacijenta u momentu naglog porasta temperature i tresavice;
- Dokazivanje Leishmania spp., u bolničkim uslovima, pregledom mikroskopskog preparata krvnog razmaza, punktata koštane srži, limfnih žljezda, slezene, bojenim po Giemsi;
- Dokazivanje Acantamoebae u bolesničkom materijalu (CSF, strugotine rožnice, kožnog apscesa), mikroskopskim pregledom nativnog preparata i kultivacijom uzorka na hranljivu podlogu;
- IHA test za dokazivanje Plasmodium spp.u uzorcima krvi;
- IHA test za dokazivanje histolyticae u uzorcima krvi;
- IHA za dokazivanje Giardiae lambliae u uzorcima krvi;
- Parazitološka pretraga urina na Trichomonas vaginalis;
- Pregled strugotina kože na Sarcoptes scabiei, u bolničkim uslovima.
Laboratorij za kontrolu bolničkih infekcija
Laboratorij je osnovan 2004 godine i od tada do danas se bavi problematikom bolničkih infekcija puno radno vrijeme. Ova je problematika prepoznata kao vrlo važna za veće ustanove kao što je KCUS, pa je formiranje laboratorije specifičnost naše ustanove u odnosu na one u zemlji i širem regionu.
Bakteriološka analiza uključuje izolaciju, identifikaciju i ispitivanje mehanizama rezistencije bolničkih patogena (MRSA, VRSA/VISA, VRE, ESBL sojeva, karbapenem rezistentnih sojeva enterobakterija, Acinetobakter spp, Pseudomonas spp) iz bolesničkog materijala i različitih uzoraka nežive sredine.
Laboratorija obavlja slijedeće poslove:
- Ispitivanje izvora/rezervoara, puteva prenošenja, incidence i prevalence uzročnika bolničkih infekcija na osnovu kojih se daju preporuke za njihovu prevenciju i suzbijanje;
- Praćenje porasta rezistencije na antibiotke sa periodičnim izvještavanjem;
- Internu kontrolu kvaliteta: podloga (sterilnost, reaktivnost), rastvora (sterilnost); testa osjetljivosti na antibiotike/hemioterapeutike, te testa identifikacije (biohemijska serija) sa referalnim sojevima bakterija po preporukama EUCAST-a.
- Kontinuiranu edukaciju svih profila uposlenika KCUS o prevenciji i kontroli bolničkih patogena;
- Uzorkovanje na svim lokalitetima KCUS koje vrši educirani zdravstveni kadar u redovnom programu i vanredno u skladu sa epidemiološkom situacijom.
Uzorci koji se obrađuju:
- Uzorci donjeg respiratornog trakta: bronhoalveolarni lavat (BAL), bronhoaspirat, trahealni aspirat (TA);
- Skrining uzorci kod odraslih pacijenata (po prijemu i u toku hospitalizacije): brisevi grla/tubus, nosa, aksile, prepone i anusa; TA kod pacijenata na mehaničkoj ventilaciji;
- Skrining uzorci kod djece : bris kože, pupka i nosa, te TA kod djece na mehaničkoj ventilaciji;
- Kateteri, kanile, sonde;
- Brisevi nežive sredine na higijensku ispravnost/sterilnost: površine u neposrednoj blizini pacijenta, instrumenti, pribor, oprema, aparati, rastvori koji se koriste u terapijske i higijenske svrhe;
- Zrak –bakteriološki pregled metodom sedimentacije;
- Bris/otisak ruku uposlenika
Metodologija koja se primjenjuje je u skladu sa preporukama SZO (Svjetske zdravstvene organizacije) i EUCAST-a ( Evropski komitet za ispitivanje osetljivosti na antimikrobna sredstva). Analize koje se rade su kvalitativno/kvantitative sa ciljem određivanja broja bakterija (CFU/mL) za uzorke donjeg respiratornog trakta, katetere, te uzorke na kontrolu sterilnosti/higijenske ispravnosti.
Identifikacija uzročnika i ispitivanje osjetljivosti se rade:
- Direktnim mikroskopskim ispitivanjem bojenih preparata;
- Kultivacijom na selektivnim, diferencijalnim i hromatogenim podlogama, te podlogama koje omogućavaju bržu identifikaciju različitih mehanizama rezistencije;
- Ispitivanje osjetljivosti izolata na antimikrobna sredstva metodom disk difuzije; određivanjem minimalne inhibitorne koncetracije (MIC-a), E-testom i mikrodilucijom u bujonu;
- Reakcija aglutinacije (dokazivanjem antigena);
- Identifikacija mikroorganizama i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobna sredstva automatiziranim metodama sa određivanjem MIC-a;
- Fenotipskim testovima za dokazivanje mehanizama rezistencije: brzi imunohromatografski test za detekciju karbapenemaza i testom dovostrukog sinergizma (za detekcije ESBL i karbapenamaza);
- Molekularna dijagnostika mehanizama rezistencije (PCR i sekvenciranje slijedeće generacije-NGS)
Odjeljenje vrši dijagnostiku Mycobacterium tuberculosis complex-a i netuberkuloznih mikobakterija. Bakteriološka analiza uključuje izolaciju i identifikaciju mikobakterija u skladu sa preporukama SZO (Svjetske zdravstvene organizacije) i ECDC-a ( Evropski centar za sprječavanje i kontrolu bolesti ), kao i izvođenje testova osjetljivosti/otpornosti na antituberkulotike prvog reda.
Uzorci koji se obrađuju:
- Sputum
- Punktati, lavati*, aspirati, transudati i sl.
- Likvor
- Urin**
- Bioptati tkiva pleura, limfni čvor, koža, jetra, crijava i dr.)
- Sadržaj (drena, apscesa, pleuralnog prostora i dr. )
- Bris rane, kože, oka, cerviksa, larinksa i dr.
- Krv
- Stolica
- Dijalizat
* Uzimanje gastrolavata izvršiti u epruvetu sa 100 mg natrium bikarbonata i poslati u labo- ratoriju u roku od 4 sata.
**Uzorak kompletnog jutarnjeg urina ima prednost u odnosu na uzorak urina srednjeg mlaza.
Metode detekcije:
- Mikroskopski pregled preparata obojenog po Ziehl-Nelsen-u (ZN) se vrši iz direktnog uzorka ili najčešće iz uzorka bolesničkog materijala obrađenog po laboratorijskom protokolu, a u svrhu detekcije acidorezistentnih bacila (ARB);
- Kultivacija bolesničkog materijala u svrhu izolacije mikobakterija vrši se na čvrstoj modifikovanoj Lowenstein podlozi (IUTM – International Union Against Tuberculosis Medium ) i na tečnoj podlozi u automatizovanom sistemu;
- Brzi imunohromatografski test ( BD MGIT TBC IT ) za detekciju Mycobacterium tuberculosis complex-a iz kulture pozitivne na acidorezistentne bacile;
- Upotreba automatskog sistema; odjeljenje posjeduje aparat za:
- Automatsku detekciju rasta mikobakterija iz svih vrsta bolesničkih uzoraka upotrebom tečnih hranjivih podloga sa modificiranim Middlebrook 7H9 bujonom.
- Fenotipsko ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis complex-a na prvu liniju antituberkulotika ( streptomycin, izonijazid, rifampicin, etambutol, pirazinamid ) iz pozitivne kulture.
- Molekularna dijagnostika
- Upotrebom hibridizacijskog testa omogućena je detekcija i identifikacija Mycobacterium tuberculosis complex-a i 16 najčešćih vrsta netuberkuloznih mikobakterija iz pozitivne kulture.
Laboratorij za izolaciju i tipizaciju virusa
Bavi se izolacijom virusa influence na kontinuiranoj kulturi stanica Madin-Darby Canine Kidney (MDCK) i antigenskom karakterizacijom virusa (testovima hemaglutinacije i inhibicije hemaglutinacije)
Laboratorij za serološku dijagnostiku infektivnih oboljenja
Bavi se određivanjem i dokazivanjem specifičnih antitijela (IgM, IgG i IgA) u uzorku bolesnika, a koja se javljaju u odgovoru na virusnu, bakterijsku, gljivičnu ili parazitarnu infekciju.
Uzorci koji se obrađuju:
- krv (serum/plazma),
- likvor,
- stolica
Metode identifikacije i kvantifikacije uzročnika:
- Imunoenzimski testovi ELISA, EIA, CMIA/CLIA,
- Potvrdni testovi (Western i Imuno blot)
- Brzi imunohromatografski testovi
- Imunoflorescentni testovi
- Aglutinacijski testovi
1. Imunoenzimski testovi :
Virusi:T oxoplasma gondii, Rubella virus, Cytomegalovirus(CMV), Herpes simplex (HSV)-(TORCH), Toxo avidity test, CMV avidity test, Rubella avidity test, ECHO virus,Adeno virus, Epstein barr virus (EBV), Measles virus, Mumps virus, Varicella zoster virus (VZV), Influenza A virus, Influenza B virus, Respiratorni sincicijalni virus (RSV), Parvo virus B19, Coxsackie virus, Hanta virus, Uzročnici virusnih gastroenteritisa (Rotavirus, Adenovirus, Astro virus, Norovirus), Hepatitis markeri (anti-HCV, HBsAg, anti-HBS, HBeAg, anti-HBe, anti-HBc, anti-HbcIgM, Hepatitis A (HAV); HIV Ag/Ab
Bakterije: Helicobacter pylori, Bordetella pertussis i Bordetella pertussis IgG toksin, Borellia burgdorferi, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Brucella, Treponema pallidum, Legionella pneumophila, Coxiella burneti IgA faze1, Coxiella burneti IgG faze1, Coxiella burneti IgG faze2 i Coxiella burneti IgM faze 2, Leptospira,
Paraziti: Entamoeba histolytica, Trichinella spiralis, Tenia solium (cisticercosis), Echinococcus granulossus, Leishmania, Toxocara canis,
Gljive: Candida albicans, Aspergillus spp.
Antitoksin: Tetanus antitoksin, Diphteria antitoksin,
2. Potvrdni (konfirmatorni) testovi (Western blot)
- WB za antitijela klase IgM i IgG za Borellia burgdorferi iz uzorka krvi i likvora
- WB za antitijela klase IgM i IgG za Hantan virus iz uzorka krvi
- WB HIV I/II Line imunoesej (potvrdni test i diferencijacijski test između: HIV-1 uključujući grupu (O ) i HIV-2 infekcije u humanom serumu i plazmi
- WB – Hepatitis C virus (HCV) iz uzorka krvi
- HBV Genotyping Line Probe Assay , (identifikacija hepatitis B virus genotipa A do H)
- HBV Line probe test, (simultana detekcija hepatitis B virusa divlji tip i detekcija klinički relevantnih mutacija vezanih za terapiju HBV )
3. Brzi imunohromatografski test
- Brzi imunohromatografski test za kvalitativnu detekciju markera Epstein-Barr virusa (PB HA, VCA IgM, VCA IgG and EBNA IgG) u uzorku seruma/plazma.
- Brzi imunohromatografski test SARS CoV-2 Ag – screening test za kvalitativnu detekciju antigena Corona virusa iz uzorka brisa nazofarinksa, sputum; trahealni aspirat; bronhoalveolarni ispirak (BAL)
4. Imunofluorescentni serološki test
- Bartonella henselae -indirektni imunofluorescentni test za detekciju antitijela klase IgG i IgM u uzorku serum/plazma
5. Aglutinacioni testovi
- Rose Bengal za dijagnostiku Bruceloze iz uzorka krvi
- TPHA (treponema pallidum hemaglutinacioni test) za dijagnostiku sifilisa iz uzorka krvi
- VDRL (venereal disease research laboratory test)- antikardiolipinska antitijela za sifilis (screening test) iz uzorka krvi
Laboratorij za molekularnu mikrobiologiju
Bavi se izolacijom i identifikacijom uzročnika infektivnih oboljenja dokazivanjem genetskog materijala mikroorganizama, njihove DNA ili RNA.
Uzorci koji se obrađuju:
- plazma
- puna krv
- serum
- likvor
- urin
- brisevi:
- za respiratorni trakt:bris nazofarinksa, bris grla, BAL, trahealni aspirat,sputum
- za urogenitalnig trakt: bris cerviksa, bris anusa, bris uretre,bris vagine
- bris kožne promjene – pustula, vezikula
- bris bukalne sluznice
- pelet čiste svježe kulture bakterija
- dijalizna otopina
- ćelijska kultura
Metode molekularne dijagnostike:
- PCR kvalitativni/kvantitativni/multiplex test za slijedeće analize: Hepatitis C virus (HCV)- detekcija/kvantifikacija/genotipizacija, Hepatitis B virus (HBV)- detekcija/kvantifikacija, Virus humane imunodeficijencije tip 1 (HIV-1)- detekcija/kvantifikacija, Cytomegalovirus (CMV)- detekcija/kvantifikacija, Chlamydia trachomatis/Neisseria gonorrhoeae- detekcija i diferencijacija, Humani papillomavirus (HPV)/ visoko-rizični tipovi/ sa simultanom tipizacijom HPV16 i HPV18 real-time PCR test, Mumps virus , Aspergillus spp. , West-Nile virus, Chikugunya virus , Dengue virus, Zika virus, Chikungunya virus, EBV kvantitativni/kvalitativni , MDR MBL (VIM, IMP, NDM) detekcija, MDR KPC/OXA detekcija, Polyomavirus BKV kvalitativni/kvantitativni, Polyomavirus JC/BK- detekcija i diferencijacij, Toxoplasma spp – detekcija , HSV1/2 kvantitativni (detekcija i diferencijacija, kvantifikacija), Pneumocystis jirovecii (carinii)- detekcija/kvantifikacija, Lyme bolest /detekcija Borelliae burgdorferi, Monkeypox virus detekcija, Adenovirus detekcija/kvantifikacija, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Respiratorni sincicijski virus (RSV)- detekcija,Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV)- detekcija, Arbovirusi- detekcija, Rubella virus- detekcija, Morbilli virus- detekcija, Hantavirus- detekcija, Influenza virus detekcija/subtipizacija, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), influenza virus A i B, respiratorni sincicijski virus (RSV)- detekcija i diferencijacija, HLA B57:01detekcija, kvalitativna dijagnostiku: Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Bordetella bronchiseptica, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma hominis- detekcija i diferencijacija, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium i Trichomonas vaginalis- detekcija i diferencijacija, Virus krpeljnog encefalitisa (TBEV), Borrelia burgdorferi, Ehrlichia chaffeensis i Ehrlichia
- Paneli za detekciju i diferencijaciju uzročnika infektivnih oboljenja:
- Panel za detekciju respiratornih patogena, – bazični (Adenovirus, Enterovirus, L. pneumophila, Metapneumovirus, M. Pneumoniae, Parainfluenza 1-4, Rhinovirus;
- Panel za detekciju respiratornih patogena – Influenza A virus, Prainfluenza 1,2,3,4 virus, Respiratorni sincicijski virus (RSV) A/B, Haemophilus influenzae tip b, Parechovirus ;
- Panel za detekciju uzročnika bakterijskog meningitisa (N. meningitidis, H. influenzae, S. pneumoniaa);
- Panel za detekciju uzročnika neonatalnog meningitisa (E. coli, Listeria monocytogenes, Streptococcus group B, S. pneumoniae);
- Panel za detekciju uzročnika osipnih bolesti (HSV-1, HSV-2, VZV);
- Panel za detekciju uzročnika CNS infekcija – CNS mini panel (Enterovirus, HHV-6, HHV-7, HSV-1, HSV-2, Parechovirus, Parvovirus B19, VZV);
- Panel za detekciju uzročnika atipičnih pneumonija (C. pneumoniae, L. pneumophila/longbeacheae, M. pneumoniae;
- Panel za detekciju virusnih infekcija kod imunosuprimiranih pacijenata (Adenovirus, BKV, CMV, EBV, JCV);
- Panel za detekciju Candida – Candida bazični panel (C. albicans, C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis);
- Coronavirus Panel Kit (za detekciju i diferencijaciju tipova 229E, NL-63, OC43, HKU1);
- Panel za detekciju virusnog meningitisa-: HSV1, HSV2, VZV, Enterovirus, Mumps virus i Parechovirus.Kit;
- Brza molekularna dijagnostika teških respiratornih virusnih infekcija:
- Detekcija SARS-CoV-2;
- Detekcija i diferencijacija SARS-CoV-2 i influenza virus A i B;
- Detekcija i diferencijacija; Influenza virus A i B, respiratorni sincicijski virus (RSV)
- Detekcija i diferencijacija specifičnih mutacija SARS-CoV-2:
- Detekcija i diferencijacija specifičnih mutacija SARS-CoV-2 (N501Y);
- detekcija i diferencijacija specifičnih mutacija SARS-CoV-2 (A570D),
- detekcija i diferencijacija specifičnih mutacija SARS-CoV-2 (P681R),
- detekcija i diferencijacija specifičnih mutacija SARS-CoV-2 (V1176N),
- detekcija i diferencijacija specifičnih mutacija SARS-CoV-2 (K417N)
- Ispitivanje endotoksina u dijaliznoj otopini:
- LAL test (rapid single vial test) – ispitivanje endotoksina u dijaliznoj otopini
- Sekvenciranje:
- Sanger sekvenciranje – sistem za DNA anlizu i fragmentno sekvenciranje- sistem kapilarne elektroforeze koji se bazira na fluorescenciji.
- Virus humane imunodeficijencije (HIV)- genotipizacija
- Virus humane imunodeficijencije (HIV)- praćenje rezistencije na terapiju
- Rubella virus- genotipizacija
- Morbilli virus- genotipizacija
- Slijedeća generacija ciljanog sekvenciranja cijelog genoma – (eng. targeted whole- genome next-generation sequencing, WG- tNGS) u svrhu detekcije i genomske karakterizacije preko 40 značajnih respiratornih virusa uključujući SARS-CoV-2 i influenza A i B virus. Postupak podrazumijeva ekstrakciju virusnih nukleinskih kiselina iz humanih respiratornih uzoraka, reverznu transkripciju ekstrahovane RNK, pripremu biblioteke i obogaćivanje virusnih genoma iz ekstrahovanih ukupnih nukleinskih kiselina, s obzirom da su i RNK i DNK virusi ciljani ovim panelom. Nakon sekvenciranja na NGS sistemu, slijedi bioinformatička analiza podataka.
Sekvenciranje kompletnog genoma bakterija u svrhu detekcije mutacija sa potencijalom rezistencije na antibiotike.Analiza uključuje ekstrakciju bakterijske DNK iz svježe kulture, pripremu biblioteke i sekvenciranje sintezom na NGS sistemu. Bioinformatička analiza podrazumijeva genomsko profiliranje i filogenetsku analizu, te tipizaciju uz identifikaciju potencijalno prisutnih gena rezistencije.
U laboratorijama pri ovom odjeljenju obavlja se bakteriološka analiza koja uključuje izolaciju i identifikaciju bakterijskog patogena različitim metodama u skladu sa preporukama SZO (Svjetske zdravstvene organizacije) i EUCAST-a ( Evropski komitet za ispitivanje osetljivosti na antimikrobna sredstva), kao i praćenje rezistencije bakterijskih izolata.
Način uzimanja uzorka ovisi o vrsti traženog mikroorganizma, kao i lokaciji na kojoj se sumnja na njegovo prisustvo.Uzorci mogu biti iz respiratornog, probavnog, urogenitalnog sistema, kože , CNS-a, i dr.
Uzorci koji se obrađuju:
- Bris grla, nosa, nazofarinksa, rane, kožne promjene, oka, uha, vagine, cerviksa, sputum, uretre i dr.
- Krv
- Urin
- Likvor
- Stolica
- Gastrični lavat
- Isječak tkiva
- Punktati, aspirati, transudati, i sl.
Metode detekcije:
- Direktno mikroskopsko ispitivanje bolesničkog materijala prostim i složenim bojenjem;
- Kultivacija aerobnih, anaerobnih i mikroaerofilnih bakterija na hranljivim podlogama;
- Ispitivanje osjetljivosti izolovanih bakterija i kvasnica na antimikrobna sredstva metodom disk difuzije, određivanjem minimalne inhibitorne koncetracije (MIC-a) E-testom i mikrodilucijom u bujonu;
- Brzi imunohromatografski testovi;
- Reakcija aglutinacije (dokazivanjem antigena);
- Serološka dijagnostika – Enzimski imunoesej ( EIA);
- Identifikacija mikroorganizama i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobna sredstva automatiziranim metodama;
- Molekularna dijagnostika (PCR i sekvencioniranje);
Radi se dijagnostika slijedećih bakterijskih uzročnika:
- Aerobnih, anaerobnih i mikroaerofilnih bakterija iz svih vrsta uzoraka (briseva,punktata,eksudata,isječka tkiva, kao i ostalih primarno sterilnih sredina)
- urinarnih infekcija, gnojnih i septičnih infekcija, infekcija CNS-a
- spolno – prenosivih infekcija: Neisseria gonorrhoeae,Trichomonas vaginalis, Chlamydia trachomatis, Gardnerella vaginalis
- Ureaplasma spp. i Mycoplasma hominis u cervikovaginalnim brisevima kod žena, a u brisu uretre kod muškaraca. Test omogućava kulturu, identifikaciju, enumeraciju i testiranje na antibiotike
- crijevnih zaraznih bolesti (Salmonella, Shigela, EPEC, EIEC, EHEC, ETEC, EAEC, Yersinia, Campylobacter, Clostridium difficile, Vibrio cholerae i dr.)
Brzi testovi:
Rezultati ovih testova su dostupni u toku istog dana od uzorkovanja.
Brzi imunohromatografski testovi :
- Brzi imunohromatografski test za detekciju Clostridium difficiletoksin A i B iz stolice,
- Brzi imunohromatografski test za detekciju GDH antigena Clostridium difficile u stolici
- Brzi imunohromatografski test za detekciju Ag Legionella pneumophila u urinu
- Brzi imunohromatografski test za detekciju karbapenemaza
- Brzi test za detekciju rezistencije na polymiksin
Automatski sistemi identifikacije bakterija:
- Odjeljenje posjeduje dva aparata za automatsku detekciju bakterijskih i gljivičnih uzročnika. Radi se o aparatu za dijagnostiku hemokultura dizajniranom za brzo otkrivanje mikroorganizama u kliničkim uzorcima krvi u kojima se detektuju aerobne,anaerobne,mikroaerofilne bakterije i kvasnice. Osim hemokultura uzročnici se detektuju i u drugim primarno sterilnim uzorcima (dijalizat i leukoferat).
- Automatski sistem za brzu identifikaciju bakterija i kvasnica kao i za testiranje osjetljivosti/rezistencije na antimikrobne (AST) lijekove direktno sa kulture. Izrada antibiograma bazirana je na vrijednostima MIC-ova a interpretacija rezultata je u skladu sa EUCAST preporukama (European Committee on Antimicrobial Susceptibilitty Testing). Očitavanje rezultata vrši se automatski uz pomoć Expert sistema za validaciju testa osjetljivosti.
Enzimski imunoesej (EIA)
- Enzimski imunoesej za detekciju Clostridium difficile Toxina A+B baziran na poliklonalnim i monoklonalnim antitijelima iz uzorka stolice
Reakcije aglutinacije (dokazivanje antigena) kod:
- Streptococcus spp.
- Campylobacter spp.
- Neisseria meningitidis serološka gr.
- Legionella pneumophilla
- Uzročnici crijevnih zaraznih bolesti (Salmonella spp., Shigella spp, Yersinia enterocolitica, Vibrio colere).
- Haemophilus influenzae
- Listeria monocytogenes
- Enteropategene Escherichia coli
Molekularna dijagnostika :
Multiplex Real-Time PCR System- izvodi se na platformi za tkz. “sindromsko” testiranje. Ova tehnologija omogućava detekciju i identifikaciju bakterija,virusa i gljiva u jednom uzorku u kratkom vremenu:
- Meningitis/Encephalitis Panel je sindromski kvalitativni multipleks test koji detektuje 14 najčešćih bakterijskih, virusnih i gljivičnih uzročnika infekcija centralnog nervnog sistema (meningitisa/encefalitisa) direktno iz uzoraka cerebrospinalnog likvora (CSF) dobivenih lumbalnom punkcijom.
- Blood Culture Identification 2 (BCID2) Panel namijenjen za istovremenu kvalitativnu detekciju i identifikaciju više bakterijskih i gljivičnih nukleinskih kiselina kao i pojedinih genetskih determinanti povezanih s antimikrobnom rezistencijom direktno iz uzoraka krvi (za otkrivanje uzročnika sepsi). Panel se radi direktno iz uzoraka hemokulture koji se identificiraju kao pozitivne sistemom za kontinuirano praćenje hemokulture.
U toku je nabavka nove opreme (masenog spektrometra MALDI- TOF), što će omogućiti brzu detekcije preko 1000 različitih vrsta bakterija i gljiva, kao i najčeščih mehanizama rezistencije.
U OJ Klinička mikrobiologija rade 64 uposlenika:
9 ljekara specijalista mikrobiologije
1 ljekar specijalista socijalne medicine
6 ljekara specijalizanata kliničke mikrobiologije
1 ljekar specijalizant epidemiologije
1 biolog
6 diplomiranih inžinjera medicinsko laboratorijske dijagnostike
1 diplomirana medicinska sestra
10 viših laboratorijskih tehničara
19 srednjih laboratorijskih tehničara
3 KV radnika
7 NK radnika- pralje laboratorijskog posuđa/ radnice na održavanju higijene
NASTAVNI PROCES:
U OJ Klinička mikrobiologija rade 5 doktora nauka, 7 magistara, 3 subspecijalista, 5 primarijusa. Edukacioni proces vode: 1 redovni professor, 2 vanredna profesora, 1 viši asistent, 2 stručna saradnika.